Wobec podmiotu, który nie wywiązuje się z obowiązku sprawozdawczego może być zastosowany system kar. Organ celny, nie więcej niż trzykrotnie, upomina podmiot zobowiązany o konieczności złożenia zgłoszenia INTRASTAT lub dokonania korekty zgłoszenia już dokonanego. 
Na osobę zobowiązaną, która mimo trzykrotnego upomnienia nie dokona zgłoszenia INTRASTAT lub stosownej korekty zgłoszenia, którego upomnienie dotyczy, organ celny może nałożyć karę pieniężną w wysokości 3 000 PLN za 1 okres sprawozdawczy w odniesieniu do każdego rodzaju obrotu.
Termin uiszczenia kary pieniężnej wynosi 14 dni od daty doręczenia decyzji.