Urząd Statystyczny Wspólnot Europejskich (Eurostat) wprowadził na początku lat 70., w porozumieniu z innymi departamentami ówczesnej Komisji Wspólnot Europejskich i państwami członkowskimi Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej (EWG), „Nomenklaturę Statystycznych Jednostek Terytorialnych (NUTS)” (ang. Nomenclature of Statistical Territorial Units; później nazwaną „Nomenklaturą Jednostek Terytorialnych do Celów Statystycznych” – ang. Nomenclature of Territorial Units for Statistics) w celu ustalenia jednolitego, spójnego systemu podziału terytoriów państw członkowskich EWG do tworzenia statystyk regionalnych dla Wspólnoty, pozwalających na kompleksowy przegląd zmian zachodzących na poziomie regionalnym w Europie. Przez kolejne lata wdrażanie i aktualizacja klasyfikacji NUTS przeprowadzana była w ramach szeregu „umów dżentelmeńskich” pomiędzy państwami członkowskimi i Eurostatem. Ówczesna Nomenklatura NUTS wyróżniała sześć poziomów: NUTS 0 obejmował całe państwo, trzy kolejne (NUST 1, NUTS 2 i NUTS 3) określone zostały poziomami regionalnymi, zaś dwa ostatnie (NUTS 4 i NUTS 5) poziomami lokalnymi. W prawie wspólnotowym podział statystyczny NUTS zaczął funkcjonować od 1988 roku, kiedy to został uwzględniony w regulacji Rady dotyczącej funduszy strukturalnych^[1].

W 2000 roku rozpoczęto prace nad nadaniem klasyfikacji NUTS statusu prawnego, co zakończone zostało w 2003 roku przyjęciem Rozporządzenia (WE) nr 1059/2003 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 26 maja 2003 roku w sprawie ustalenia wspólnej klasyfikacji Jednostek Terytorialnych do Celów Statystycznych (NUTS)^[2]. Ustalono wówczas dla 15 państw członkowskich Unii Europejskiej jednolity podział na jednostki NUTS trzech poziomów regionalnych (NUTS 1, NUTS 2, NUTS 3), które zostały wymienione w załączniku I do rozporządzenia. Przyjęto wówczas 72 jednostki NUTS 1, 213 jednostek NUTS 2 i 1091 jednostek NUTS 3. Wcześniej istniejące jednostki NUTS poziomu czwartego i piątego określone zostały jako „lokalne jednostki administracyjne” (ang. Local Administrative Units): LAU 1 i LAU 2 – choć nie są szczegółowo regulowane rozporządzeniem, zostały wymienione w jego załączniku III (na poziomie LAU 2)^[3]. Zmieniono wówczas także formalnie nazwę tego podziału terytorialnego z „Nomenklatura Jednostek Terytorialnych do Celów Statystycznych” (ang.: Nomenclature of Territorial Units for Statistics), na „Klasyfikacja Jednostek Terytorialnych do Celów Statystycznych” (ang.: Classification of Territorial Units for Statistics), przy czym Eurostat powszechnie stosuje w języku angielskim tę poprzednią nazwę.

Klasyfikacja NUTS ustalona w 2003 roku (tzw. NUTS 2003) zmieniana jest w ramach rewizji, które następują nie częściej niż co trzy lata.  Pierwsza rewizja (NUTS 2006) została przyjęta 1 lutego 2007 roku i obowiązywała od 1 stycznia 2008 roku^[4]. Druga rewizja (NUTS 2010) została przyjęta 17 stycznia 2011 r.  i obowiązywała od 1 stycznia 2012 roku^[5]. Trzecia rewizja (NUTS 2013) została przyjęta 9 grudnia 2013 r. i obowiązywała od 1 stycznia 2015 roku^[6]. Czwarta rewizja (NUTS 2016) została przyjęta 21 listopada 2016 r., i obowiązywała od 1 stycznia 2018 roku^[7]. Piąta rewizja (NUTS 2021) została przyjęta 24 października 2019 r. a obowiązuje od 1 stycznia 2021 roku^[8]. Ponadto zmiany w klasyfikacji następują w wyniku przyjęcia do Unii Europejskiej nowych państw, a także w przypadku dokonania w którymś z państw znaczącej reorganizacji (reformy) podziału administracyjnego. Zmiany wprowadzone tym trybem nie są jednak uznawane za nową rewizję klasyfikacji, a jedynie za aktualizację obowiązującej klasyfikacji. W trybie tym dokonano dotychczas trzech zmian: wprowadzono klasyfikację NUTS dla Czech, Estonii, Cypru, Łotwy, Litwy, Węgier, Malty, Polski, Słowenii i Słowacji po ich wstąpieniu do Unii Europejskiej w 2004 roku^[9] (klasyfikacja formalnie obowiązuje od 26 listopada 2005 roku, de facto stosowana jest od momentu przystąpienia tych państw do Unii 1 maja 2004 r.), wprowadzono klasyfikację NUTS dla Bułgarii i Rumunii po ich wstąpieniu do Unii Europejskiej w 2008 roku^[10] (formalnie obowiązuje od 6 marca 2008 roku, de facto stosowana od 1 stycznia 2008 roku) oraz zmieniono klasyfikację NUTS 3 dla Portugalii po zmianie podziału administracyjnego tego kraju^[11] (formalnie obowiązuje od 1 stycznia 2016 roku, jednak zgodnie z porozumieniem operacyjnym z portugalskim urzędem statystycznym, stosowana jest od 1 stycznia 2015 roku). Ponadto w wyniku wystąpienia Wielkiej Brytanii z Unii Europejskiej z dniem 1 lutego 2020 r., podział tego państwa na jednostki statystyczne przestał być częścią klasyfikacji NUTS.

Kraj, który wprowadza zmiany w klasyfikacji NUTS jest zobowiązany w ciągu dwóch lat do dokonania przeliczeń dla lat wcześniejszych dla zmienionego poziomu NUTS. Listę szeregów czasowych, które należy przeliczyć, a także ich długość określa oddzielne rozporządzenie.